Kontrola w ekologicznej produkcji żywności dotyczy sposobu produkcji i jest uregulowana w ustawie o rolnictwie ekologicznym. Pełnozakresowa kontrola w gospodarstwach i przetwórniach odbywa się przynajmniej raz w roku i przeprowadzają ją upoważnione jednostki certyfikujące.

Kontroli podlegają nie tylko wszystkie obiekty gospodarstwa: pola, łąki, pastwiska, wybiegi, budynki inwentarskie, urządzenia, magazyny, przechowalnie, itp., ale także dokumentacja produkcji: księgi rachunkowe, dowody zakupu środków do produkcji oraz surowców, księga gospodarstwa (lub zapisy), etykiety (i materiały reklamowe), wreszcie - bilans zbiorów (i zakupionych surowców) i sprzedaży produktów ekologicznych.

Na podstawie protokołu z kontroli, jednostka certyfikująca ocenia czy gospodarstwo (lub przetwórnia) spełnia kryteria, a następnie wystawia certyfikat zgodności, upoważniający do obrotu produktami rolnictwa ekologicznego.

Certyfikat taki przyznawany jest  na jeden rok. Po tym okresie gospodarstwo jest poddawane ponownej kontroli i jeśli spełnia wymogi, termin jego ważności jest przedłużany na kolejny rok. Certyfikat jest uznawany na terenie całej Unii Europejskiej.