Pierwsza z dopłat finansowanych z budżetu krajowego to dopłata do kosztów kontroli. Kontrola gospodarstw ekologicznych zarówno będących w okresie przestawiania jak i w tych, które posiadają już certyfikaty odbywa się raz w roku, a jej przeprowadzenie jest płatne. Oprócz kontroli zapowiedzianych jednostka certyfikująca może przeprowadzać również kontrole wyrywkowe zapowiedziane lub niezapowiedziane. Ma to miejsce szczególnie w przypadkach, gdy mogą wystąpić odstępstwa od zasad obowiązujących w produkcji metodami ekologicznymi. W przypadku pozytywnych wyników kontroli rolnik może uzyskać dopłatę, której wysokość częściowo rekompensuje poniesione koszty. Zarówno koszt kontroli jak i wysokość dopłaty zależy od wielkości powierzchni gospodarstwa. Stawki dopłaty na dofinansowanie kosztów kontroli gospodarstwa ekologicznego oraz zasady jej udzielania ustalane są corocznie w rozporządzeniu Ministra Rolnictwa i Rozwoju Wsi.

Powyższa dopłata wypłacana jest przez okręgową stację chemiczno-rolniczą, właściwą ze względu na miejsce zamieszkania albo siedzibę wnioskodawcy, po złożeniu do niej odpowiedniego wniosku wraz z kopiami faktur za przeprowadzenie kontroli. Formularz wniosku można uzyskać od wybranej, upoważnionej jednostki certyfikującej oraz w okręgowej stacji chemiczno-rolniczej.

Rolnik, któremu udzielono dopłaty zobowiązany jest do prowadzenia dokumentacji i odrębnej ewidencji wykorzystania dopłat.