Każdy podmiot gospodarczy produkujący, przetwarzający lub importujący produkty ekologiczne ma obowiązek podporządkowania swojej działalności systemowi kontroli. Kontrola obejmuje cały łańcuch produkcji począwszy od producenta poprzez przetwórcę, aż do handlu. Kontrole przeprowadzane są corocznie, oprócz tego mogą mieć miejsce również inspekcje dodatkowe. Kontroli poddawane są wszystkie obiekty gospodarstwa (uprawy, budynki inwentarskie i magazynowe, wybiegi dla zwierząt, przechowalnie, maszyny i urządzenia).

Rolnik, który prowadzi gospodarstwo ekologiczne, jest zobowiązany prowadzić gospodarstwo zgodnie z zasadami rolnictwa ekologicznego. Jedną z zasad jest prowadzenie dokumentacji. Kontrola zgodności produkcji z wymogami Rozporządzenia WE 2092/91 wymaga więc udokumentowania zdarzeń mających miejsce w gospodarstwie, dotyczy to produkcji roślinnej, zwierzęcej, zaopatrzenia, zbytu itp. Badane są więc księgi rachunkowe, dowody zakupów środków produkcji i surowców, księgi hodowlane, etykiety i materiały reklamowe, wykaz sprzedanych produktów, bilans zbiorów itd.

Kontrola w  rolnictwie ekologicznym dotyczy sposobu produkcji, a nie produktu końcowego, gdyż przyjmuje się iż o jakości żywności świadczy to w jakich warunkach i w jaki sposób się ją produkuje. W  związku z  tym uznaje  się, że jeżeli warunki środowiskowe nie  budzą zastrzeżeń, to jakość produktów rolniczych również ich nie budzi. Dlatego kontrolowane są metody produkcji, a gotowe wyroby jedynie w przypadku uzasadnionych wątpliwości i podejrzeń.

W trakcie kontroli inspektor powinien wskazywać rolnikowi uchybienia, niedociągnięcia i słabe punkty, jednak nie może udzielać rad w jaki sposób je usunąć, ani też oceniać gospodarstwa.

Z kontroli powstaje dokumentacja kontrolna, która jest podstawą do podjęcia decyzji o wydaniu certyfikatu, jego przedłużeniu czy też cofnięciu.