Ustawa z 20 kwietnia 2004 r. o rolnictwie ekologicznym  (zwana ustawą kompetencyjną), reguluje podział zadań pomiędzy poszczególne podmioty w zakresie certyfikacji i kontroli w rolnictwie ekologicznym.

Zgodnie z zapisami ustawy, organami i jednostkami właściwymi w sprawach kontroli i certyfikacji są:
- Minister Rolnictwa i Rozwoju Wsi jako organ upoważniający prywatne jednostki certyfikujące do prowadzenia kontroli i wydawania certyfikatów,
- Inspekcja Jakości Handlowej Artykułów Rolno-Spożywczych, która sprawuje nadzór nad jednostkami certyfikującymi w rolnictwie ekologicznym,
- upoważnione jednostki certyfikujące rolnictwo ekologiczne.

W chwili obecnej jest siedem jednostek certyfikujących, które zgodnie z ustawą z dnia 20 kwietnia 2004 r. w drodze decyzji Ministra Rolnictwa i Rozwoju Wsi zostały upoważnione do przeprowadzania kontroli oraz wydawania i cofania certyfikatów zgodności w rolnictwie ekologicznym.

Przystąpienie do systemu rolnictwa ekologicznego jest dobrowolne, jednak podjęcie decyzji o przystąpieniu jest jednocześnie zobowiązaniem do bezwarunkowego przestrzegania rygorów produkcji ekologicznej, poddawania gospodarstwa kontroli, a także podporządkowania się sankcjom przewidzianym w przepisach prawa w razie naruszenia wymogów.

Certyfikacja w rolnictwie ekologicznym jest poświadczeniem przez jednostkę certyfikującą, że produkcja podlega stałej kontroli, a produkty spełniają wymogi Rozporządzenia 2092/91. Certyfikat wydawany jest po określonym czasie przestawiania gospodarstwa na rolnictwo ekologiczne. W okresie przestawiania gospodarstwo, po przeprowadzonej przez jednostkę certyfikującą kontroli, działa na podstawie stosownego zaświadczenia wydanego przez jednostkę certyfikującą.

Przestawianie na rolnictwo ekologiczne trwa 24 miesiące przed siewem roślin (w przypadku upraw rocznych oraz w przypadku produkcji zwierzęcej) oraz 36 miesięcy przed zbiorem produktów, w odniesieniu do upraw wieloletnich. Okres przestawiania rozpoczyna się nie wcześniej niż od daty zgłoszenia działalności w rolnictwie ekologicznym.

Aby uzyskać certyfikat rolnictwa ekologicznego należy zgłosić gospodarstwo rolnicze (jednostkę produkcyjną) do systemu rolnictwa ekologicznego. W tym celu należy złożyć wniosek o certyfikację ekologicznego gospodarstwa rolniczego wraz z załącznikami. Wypełniony formularz FZ-01/04 „Zgłoszenie działalności w rolnictwie ekologicznym” należy odesłać jednocześnie listem poleconym po jednym egzemplarzu na adres wybranej jednostki certyfikującej  oraz do wojewódzkiego Inspektoratu Jakości Handlowej Artykułów Rolno-Spożywczych właściwego dla miejsca zamieszkania wnioskodawcy (dane teleadresowe wojewódzkich inspektoratów znajdziesz na stronie IJHARS www.ijhar-s.gov.pl).
Formularz wniosku i zgłoszenia można otrzymać w jednostce certyfikującej (również do pobrania na stronach internetowych jednostek i na stronie IJHARS) oraz w Ośrodkach Doradztwa Rolniczego.
Zgłoszeń można dokonywać przez cały rok.

Na podstawie kompletu dokumentów złożonych w jednostce certyfikującej i dokonaniu opłaty za przeprowadzenie kontroli odbywa się rejestracja gospodarstwa w systemie rolnictwa ekologicznego i wystawienie zaświadczenia niezbędnego do ubiegania się o dotacje przysługujące na mocy ustawy o rolnictwie ekologicznym. Po dwóch latach gospodarowania ekologicznego czyli po okresie przestawiania (potwierdzonego coroczną kontrolą), zaświadczenie przyjmuje formę certyfikatu, uprawniającego do dotacji oraz do oznaczania produktów jako produkty rolnictwa ekologicznego.

Rolnik w momencie złożenia wniosku do jednostki certyfikującej wpłaca opłatę wstępną. Druga część opłaty wpłacana jest przed przeprowadzeniem przez inspektora kontroli w gospodarstwie. Wysokość opłaty uzależniona jest od wielkości kontrolowanego gospodarstwa, a z cennikiem kontroli można zapoznać się w jednostce certyfikującej.