Funkcjonowanie systemu kontroli i certyfikacji w rolnictwie ekologicznym jest podstawowym gwarantem dla konsumenta, że środki spożywcze znajdujące się na rynku wyprodukowane zostały zgodnie z obowiązującymi przepisami dotyczącymi rolnictwa ekologicznego i są wolne od zanieczyszczeń takich jak: pozostałości środków ochrony roślin i hormonów, a podczas ich produkcji nie stosowano nawozów sztucznych i organizmów modyfikowanych genetycznie. System kontroli i certyfikacji funkcjonuje na mocy Ustawy o rolnictwie ekologicznym.