W rolnictwie ekologicznym na pierwszym planie jest zapobiegawcza ochrona roślin. Szkodniki, choroby i chwasty są zwalczane poprzez wykorzystanie następujących środków;

• wybór właściwych gatunków i odmian,
• program właściwego płodozmianu,
• reguły postępowania podczas mechanicznej uprawy,
• ochrona naturalnych wrogów szkodników (wprowadzanie żywopłotów, ochrona gniazd, wypuszczanie drapieżników),
• wypalanie chwastów.

Żyzność i biologiczna aktywność gleby jest podwyższana poprzez:

• uprawę roślin strączkowych, zielonek lub roślin głęboko korzeniących się, w odpowiednim wieloletnim płodozmianie,
• włączenie nawozu pochodzącego od zwierząt gospodarskich z ekologicznej produkcji zwierzęcej,
• włączenie innych materiałów organicznych, kompostowanych lub niekompostowanych z gospodarstw produkujących metodami ekologicznymi,

Inne nawozy organiczne lub mineralne mogą być stosowane jako uzupełnienie, zgodnie z wytycznymi zawartymi w przepisach tj. w uzasadnionych przypadkach, a możliwości ich stosowania decyduje zazwyczaj jednostka certyfikująca.

Wykaz środków ochrony roślin dopuszczonych do stosowania w rolnictwie ekologicznym zgodnie z Rozporządzeniem MRiRW z dnia 1 lipca 2004 r. w sprawie określenia jednostki organizacyjnej kwalifikującej środki ochrony roślin do stosowania w rolnictwie ekologicznym oraz prowadzącej wykaz tych środków - prowadzi Instytut Ochrony Roślin w Poznaniu.

Wykaz nawozów zgodnie Rozporządzeniem MRiRW z dnia 1 lipca 2004 r. w sprawie określenia jednostki organizacyjnej kwalifikującej nawozy lub środki poprawiające właściwości gleby do stosowania w rolnictwie ekologicznym oraz prowadzącej wykaz tych nawozów i środków – prowadzi Instytut Uprawy, Nawożenia i Gleboznawstwa w Puławach.